Аппарат управления 

• Руководство
• Отдел финансового контроля - бухгалтерского учета
• Отдел продаж и маркетинга
• Отдел учета и использования имущества и земли

• Кокинский опорный пункт

Лаборатория цветочно-декоративных культур

Отдел агротехнологий в садоводстве

Лаборатория защиты растений

• Сектор тиражирования растений садовых культур

Отдел репродуктивной биотехнологии

• Лаборатория молекулярно-генетических и вирусологических исследований
• Сектор культуры тканей садовых культур  

Лаборатория аналитической биохимии и физиологии сельскохозяйственных растений

Отдел управления знаниями и научной информации

Отделение генофонда и биоресурсов растений

• Лаборатория полевых культур
• Лаборатория овощных культур и картофеля 

 Селекционно-семеноводческий центр

• Сектор экономики, цифровизации и трансферта технологий
• Научно-экспериментальный отдел 

Научно-экспериментальный участок Измайлово

Административно-технический отдел научной инфраструктуры

Служба главного инженера

• Машинно-тракторный парк Измайлово
• Машинно-тракторный парк Михнево

 Оренбургская опытная станция садоводства и виноградарства - филиал ФГБНУ ФНЦ Садоводства (сайт)

• АУП
• Научно-исследовательский отдел
• Производственный отдел

Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный научный селекционно-технологический центр садоводства и питомниководства» организован в 1930 году на базе Московской областной сельскохозяйственной опытной станции, которая была учреждена 01.06.1913 г.

• 1913 г. – Московская областная сельскохозяйственная опытная станция
• 1930 г. – Плодово-ягодная опытная станция
• 1960 г. – Научно-исследовательский зональный институт садоводства Нечернозёмной полосы
• 1992 г. – Всероссийский селекционно-технологический институт садоводства и питомниководства
• 1999 г. – Государственное научное учреждение Всероссийский селекционно-технологический институт садоводства и питомниководства
• 2004 г. – присоединение ГУ НПП «Садмаш»
• 2005 г. – присоединение ГУ ОС «Центральная» ВСТИСП
• 2007 г. – присоединение к ГНУ ВСТИСП Россельхозакадемии Московской опытной станции растениеводства
• 2013 г. – организация на базе ГНУ ВСТИСП Россельхозакадемии Селекцентра по Центральному региону Российской Федерации
• 2014 г.  – Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Всероссийский селекционно-технологический институт садоводства и питомниководства" (ФГБНУ ВСТИСП) Федерального агенства научных организаций (ФАНО России)
• 2018 г. Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Всероссийский селекционно-технологический институт садоводства и питомниководства" (ФГБНУ ВСТИСП) Министерства науки и высшего образования
• 2020 г. Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный научный селекционно-технологический центр садоводства и питомниководства» (ФГБНУ ФНЦ Садоводства) Министерства науки и высшего образования

ФГБНУ ФНЦ Садоводства – многопрофильное научное учреждение, целью которого является проведение фундаментальных, поисковых и прикладных научных исследований в области биотехнологии, физиологии, вирусологии, сохранения биоразнообразия, фитопатологии и энтомологии, генетики и селекции, питомниководства, агротехники и механизации садоводства, направленных на решение важнейших проблем и задач развития отрасли растениеводства; создание научно-технической продукции по заказу государственных органов, предприятий различных форм собственности и помощь по её освоению; оказание юридическим и физическим лицам научно-технических, консультационных услуг, связанных с основной деятельностью института.

• Институт является обладателем более 600 патентов и авторских свидетельств на изобретения и селекционные достижения.
• За 30-летний период выпущен посадочный материал и заложены сады семечковых культур – на площади более 8 тыс. га, косточковых - 6 тыс. га, ягодных кустарников - 22 тыс. га. Ежегодная закладка маточников и плодоносящих плантаций земляники материалом ФГБНУ ВСТИСП составляет от 40 до 100 га.

ФГБНУ ФНЦ Садоводства является координатором научных исследований в области садоводства России по направлениям: создание на базе новых гендоноров и источников ценных признаков сортов садовых культур и винограда соответствующих мировым стандартам; усовершенствование и создание экономически обоснованных технологий оздоровления и размножения растений, обеспечивающих высокое качество посадочного материала садовых культур и винограда; разработка высокоточных зональных, низкозатратных, экологически безопасных технологий возделывания, хранения, переработки и доведения до потребителя высококачественной продукции садоводства и виноградарства.

ФГБНУ ФНЦ Садоводства учредитель периодических изданий «Садоводство и виноградарство» (выпускается с 1838 года), «Плодоводство и ягодоводство России» (выпускается с 1969 года), входящих в перечень ВАК РФ, базу РИНЦ. Журнал «Садоводство и виноградарство» размещен в международных базах AGRIS, RSCI, CABI, EBSCO