Всероссийский селекционно-технологический институт садоводства и питомниководства сохраняет, поддерживает и изучает уникальные в России генетические коллекции плодовых, ягодных, цветочно-декоративных и редких культур различного эколого-географического происхождения, насчитывающие 2442 сортообразца, включающие:
— плодовые культуры – 478 сортообразцов, в том числе яблоня – 110, груша – 60, вишня – 164, черешня – 64, слива – 73, подвои косточковых культур – 7;
— ягодные культуры – 445 сортообразцов, в том числе земляника – 134, малина – 93, смородина черная – 107, смородина красная – 31, крыжовник – 80;
— новые редкие культуры – 219 сортообразцов, в том числе жимолость – 36, актинидия – 168, лимонник китайский – 15;
— цветочно-декоративные культуры – 1300 сортообразцов, в том числе пионы – 540, декоративные кустарники – 140 (относящиеся к 32 родам растений), ирисы – 150, флоксы – 150, другие травянистые и почвопокровные – 260, культуры со средоулучшающими свойствами – 60.

Генетические коллекции необходимы для выделения доноров и источников ценных признаков, использования их в селекционных программах по различным направлениям, а так же для интродукции.

Формирование коллекций в институте было начато с его основания в 30-е годы прошлого века, путём сбора растений в экспедициях после суровых зим, обмена в рамках сотрудничества с селекционерами, учёными, специалистами профильных НИИ России, Белоруссии, Украины, а также путем интродукции из США, Германии, Великобритании, Нидерландов, Польши и др.

Основным принципом при создании и пополнении коллекции плодовых и ягодных культур является наличие у сортообразцов ценных хозяйственно-биологических признаков или суммы признаков, используя которые возможно дальнейшее совершенствование сортимента. В состав имеющихся коллекций входят виды и сорта яблони, груши, вишни, черешни, сливы с высоким уровнем компонентов зимостойкости; сортообразцы колонновидной яблони (ген Со); устойчивые к парше генотипы (ген Vf, Vm); ценные зимостойкие виды яблони; образцы яблони с генами карликовости dw1, dw2 и n; формы и сорта малины с геном крупноплодности (L1) и др.

Уникальность генетической коллекции декоративных культур ФГБНУ ВСТИСП заключается в видовом и сортовом разнообразии. В ней представлены образцы, адаптированные к климатическим условиям средней полосы России, популярные и востребованные в современном садово-парковом строительстве и фитодизайне, использующиеся для создания средоулучшающих технологий в мегаполисе.

Коллекция пиона травянистого является одной из крупнейших в Европе, отечественные сорта составляют её пятую часть. Она включает различные садовые группы пиона по типу цветка: простые, анемоновидные, японские махровые и полумахровые.

Все виды и сорта генколлекций оцениваются по комплексу биологических и хозяйственно-ценных признаков, лежащих в основе оценки пригодности для селекционных программ на: зимостойкость, высокую продуктивность и качество плодов, устойчивость к наиболее вредоносным болезням и вредителям, пригодность для различных технологий возделывания. У декоративных растений отбор ценных генотипов ведется наряду с большинством вышеперечисленных признаков, также с учетом декоративности и оригинальности (по окраске, форме, величине цветков и листьев, срокам цветения, высоте побегов и др.).

В настоящее время для расширения генофонда все коллекции пополняются современными сортами различного эколого-географического происхождения, выведенными в отечественных и зарубежных НИУ, являющимися источниками ценных признаков. Так за последние пять лет генетическая коллекция плодовых, ягодных и цветочно-декоративных культур ФГБНУ ВСТИСП пополнилась более чем 150 сортообразцами.

В отделе генофонда и биоресурсов растений института ежегодно поддерживается всхожесть семян образцов мировой коллекции 50 сельскохозяйственных культур из генофонда ВИР. За последние шесть лет поддержана всхожесть 20770 тыс. образцов, из них 11084 – зерновых, 3331 – зернобобовых, 1308 – полевых, 4834 – овощных культур. Ежегодно сохраняется в живом виде путем пересадки 100 образцов картофеля, 88 – озимого чеснока.

За 2009-2014 гг. коллекция сельскохозяйственных культур пополнилась более чем на 660 образцов, в том числе из Швейцарии, Германии, Нидерландов и Казахстана, которые являются новым генетическим материалом. Это сорта и особо ценные селекционные линии, включая линии с известными генами.

С 2009 по 2014 г. в полевых и лабораторных условиях по различным хозяйственно-ценным признакам изучено свыше 9700 образцов овощных и полевых культур. Наряду с классическими методиками исследований, разработаны экспресс-методы оценки на устойчивость зерновых культур – к энзимо-микозному истощению семян (ЭМИС).

Сохраняемые в институте генетические коллекции используются в селекционных программах для создания новых сортов во ВСТИСП и других НИУ.