Основой для проведения исследований служила материальная база института, включающая коллекционные и многолетние насаждения плодовых, ягодных, декоративных культур, насаждения зерновых, кормовых, овощных культур и картофеля, коллекция плодовых культур in vitro; зимние и плёночные теплицы, оборудованные системой искусственного тумана; автоматическая метеорологическая станция «Элагр»; лаборатории: биотехнологии, вирусологии, физиологии, биохимии, ПЦР-анализа, агрохимии, световая комната с заданными параметрами, включающие современное измерительное, аналитическое, и вспомогательное оборудование, необходимое для проведения всесторонних и комплексных исследований; экспериментальный инженерный цех, ПК и программное обеспечение, программы статистической обработки данных; базы данных  ВСТИСП; 2 библиотеки с удалёнными терминалами ЦНСХБ; интернет ресурсы.

На базе института организованы центры коллективного пользования научным оборудованием по направлениям: биотехнология, вирусология, физиология, биохимия, агрохимия, в которых проводятся совместные исследования, проходят обучение и стажировки студенты ВУЗов, сотрудники НИУ России и из за рубежа. Ежегодно проводятся исследования по 10-12 договорам.