В соответствии с Гражданским кодексом РФ на использование охраняемых достижений в период с 2009 по 2015 гг. сторонним организациям выдано 200 неисключительных лицензий. Институт сотрудничает с профильными учреждениями России и Республики Беларусь по вопросам испытания селекционных достижений и получения зарубежных патентов. На территории Республики Беларусь испытывается 12 сортов плодовых и ягодных культур. Права на клоновый подвой ЛЦ-52, полученный ФГБНУ ВСТИСП и КОСС ФГБНУ СКЗНИИСиВ в результате совместных исследований, в настоящее время переданы на договорной возмездной основе (на 45 лет) американской фирме для размножения и использования на территории США, Канады и Австралии.

ИИнститут имеет лицензионные соглашения (с получением роялти) на размещение периодических изданий  «Садоводство и виноградарство» и «Плодоводство и ягодоводство России» на информационных платформах Научной электронной библиотеки (elibrary.ru), ООО «Ай Пи Эр Мэдиа» и компании «ИВИС».

Инновационные технологии, разработанные в институте, активно применяются при реализации проектов развития АПК РФ.

Ученые и специалисты института проводят патентный поиск удаленно в электронных базах данных Роспатента (ФИПС) и в сети патентной информации esp@cenet, ВОИС. Специалисты сектора ежегодно повышают свою квалификацию, ведут активную работу с ФГБУ "Госсорткомиссия" и Роспатентом.

В 2013 г. под эгидой Московской городской организации – Всероссийского общества изобретателей и рационализаторов создана первичная организация ВОИР ФГБНУ ВСТИСП, в которой зарегистрировано 22 сотрудника Института. 8 научных сотрудников награждены медалью ВОИР "За высокий вклад в развитие изобретательства".