Аппарат управления 

• Руководство
• Отдел финансового контроля - бухгалтерского учета
• Отдел продаж и маркетинга
• Отдел учета и использования имущества и земли

• Кокинский опорный пункт

Лаборатория цветочно-декоративных культур

Отдел агротехнологий в садоводстве

Лаборатория защиты растений

• Сектор тиражирования растений садовых культур

Отдел репродуктивной биотехнологии

• Лаборатория молекулярно-генетических и вирусологических исследований
• Сектор культуры тканей садовых культур  

Лаборатория аналитической биохимии и физиологии сельскохозяйственных растений

Отдел управления знаниями и научной информации

Отделение генофонда и биоресурсов растений

• Научно-исследовательский отдел генофонда и биоресурсов

           Лаборатория полевых культур
           Лаборатория овощных культур и картофеля
 

 Селекционно-семеноводческий центр

• Сектор экономики, цифровизации и трансферта технологий
• Научно-экспериментальный отдел 

Научно-экспериментальный участок Измайлово

Административно-хозяйственный отдел

• Сектор обслуживания зданий, коммуникаций, ремонта

Служба главного инженера

• Машинно-тракторный парк Измайлово
• Машинно-тракторный парк Михнево

 Оренбургская опытная станция садоводства и виноградарства - филиал ФГБНУ ФНЦ Садоводства (сайт)

• АУП
• Научно-исследовательский отдел
• Производственный отдел